शुभमन गिल की पहले टेस्ट के बाकी मैचों में उपलब्धता पर गंभीर संदेह है, शनिवार शाम को ईडन गार्डन्स में भारत की पहली पारी के दूसरे दिन रिटायर्ड हर्ट होने के कुछ घंटों बाद ही उन्हें गर्दन में दर्द के साथ स्ट्रेचर पर एम्बुलेंस में ले जाया गया। गिल शनिवार को चौथे टेस्ट मैच में साइमन हार्मर की गेंद पर स्लॉग स्वीप करते हुए गर्दन में चोट लगने के बाद गर्दन के पिछले हिस्से को पकड़कर मैदान से बाहर चले गए थे। स्थिति और अधिक चिंताजनक हो गई, जब उन्हें गर्दन में कॉलर बांधकर ले जाते हुए देखा गया, जिससे चोट की गंभीरता के बारे में और अधिक चिंता पैदा हो गई।
गिल, जो इस साल की शुरुआत में इंग्लैंड के खिलाफ टेस्ट सीरीज में पहली बार भारत का नेतृत्व करने के बाद से सभी प्रारूपों में लगातार क्रिकेट खेल रहे हैं, उन्हें शायद ही कोई आराम का समय मिला हो, वह शनिवार को गाबा में समाप्त हुई ऑस्ट्रेलिया की सीमित ओवरों की सीरीज के तुरंत बाद टीम में शामिल हो गए थे। रविवार को वह कोलकाता वापस आ गए और टीम ने मंगलवार को अपना पहला प्रशिक्षण किया।
गिल की अनुपस्थिति में, ऋषभ पंत ने दक्षिण अफ्रीका की दूसरी पारी में बल्लेबाजी की।